Конечно, сложностей в деле выявления, расшифровки и интерпретации древней ДНК чрезвычайно много. Два зуба, найденных ещё в 1984 году в разных слоях, датированных 60 и 120 тысяч лет назад, имеют архаичную морфологию и описывались как "неандерталоиды". Одинаково выглядящие признаки запросто могут быть обусловлены разными генами. Кроме чисто технических, это помянутые загрязнения чужими ДНК, изменения настоящей ДНК со временем, её плохая сохранность и фрагментарность, неопределённая скорость мутаций. Из моляра и фаланги мизинца группой генетиков под руководством Сванте Паабо была получена митохондриальная ДНК, из той же фаланги – ядерная ДНК. Любая часть скелета включает тысячи и тысячи клеток с копиями главной органической молекулы, в которой записана вся история предыдущих поколений.

Но когда генетики разберутся с действительным назначением большинства генов и смогут достоверно оценивать их взаимодействие, генетика окажется "на коне". Предполагалось, что "денисовцы" могут быть независимыми потомками вида Homo antecessor – предков Homo heidelbergensis, которые, в свою очередь, являются предками неандертальцев; или же, "денисовцы" – потомки независимой миграции из Африки, происшедшей позже первого исхода около 1,9-1,4 миллионов лет назад, но раньше того, что дал современных сапиенсов по разным оценкам – от 100 до 40 тысяч лет назад; или же, "денисовцы" – это потомки древнейших азиатских эректусов. Фактически, современная палеогенетика даёт некое схематичное древо расхождений основных филогенетических ветвей, на котором достаточно достоверна последовательность расхождений, но нет абсолютных датировок. Предположение же о родстве "денисовцев" с эректусами типа классического питекантропа не основано, если честно, ни на чём. Митохондриальная ДНК наследуется только по женской линии и потому не рекомбинирует мт ДНК отца и матери не смешиваются, она ничего не кодирует за пределами митохондрий и естественный отбор на неё почти не действует; иначе говоря, она не отражает смешений и метисаций, по ней можно судить только о родстве по женской линии. C точки зрения классической антропологии это выглядит по меньшей мере странно сравнение скелетных параметров типа "шимпанзе – неандерталец – современный человек" – классика XIX и начала XX века, но в современном исследовании выглядело бы анахронично. Тем более ничего неизвестно о ДНК людей, предшествовавших неандертальцам, так как из-за слишком большой древности она просто не сохранилась или её пока не научились выделять. Иначе говоря, "денисовцы" отличались от неандертальцев столь же сильно, как и от нас.

Посему столь фрагментарные и единичные останки людей, какие были обнаружены в Денисовой пещере, всегда не слишком вдохновляли антропологов на сколь-либо широкие обобщения.Вид Homo antecessor известен пока только из одного местонахождения в Испании, и его валидность обоснованность самостоятельного статуса признаётся далеко не всеми антропологами. В этом случае палеоантрополог может быть введён в заблуждение ложным сходством или, по крайней мере, его выводы будут всегда иметь большой момент неопределённости. Но в настоящее время гораздо больший интерес вызвали новейшие исследования другого зуба – третьего левого верхнего моляра Коренной зуб.

Миграции из Африки происходили наверняка многократно. К тому же, известна значительная индивидуальная и расовая изменчивость зубов среди современных людей; почему же такой не могло быть и среди неандертальцев? Отдельной проблемой современных генетики и тем более палеогенетики является то, что неизвестно значение подавляющего количества мутаций.

Оценки времени возникновения тех или иных мутаций, приводимые генетиками, весьма приблизительны и их никак нельзя принимать как точные. Ситуация кардинально изменилась с появлением методики выделения ДНК из ископаемых костей. Моляр очень большой и имеет ряд примитивных признаков, типичных скорее не для неандертальцев, а для более архаичных гоминид Гоминиды в "классическом" смысле - семейство прямоходящих приматов, включающее людей и их ископаемых предшественников.. См.

Строение фаланги не слишком информативно. Генетик же точно скажет, что гены разные, стало быть сходство – лишь внешнее, и родство, таким образом, – отдалённое. В итоге, ДНК неандертальцев сравнивается с современной, без учёта ДНК людей – наших предков, живших синхронно с неандертальцами и в промежуточном временном отрезке – от 40 тысяч лет назад до современности. Но вернёмся к людям из Денисовой пещеры.Однако, все эти построения крайне шатки. Как ни удивительно, довольно много исследовалась ДНК неандертальцев, но крайне мало известно о ДНК древнейших людей современного вида, хотя потенциальных возможностей здесь сколько угодно. – и последней фаланги мизинца, обнаруженных в более молодом слое, с датировкой от 50 до 30 тысяч лет назад об этих находках мы уже кратко писали. При таком наборе данных далеко не всегда ясно, какие варианты генов более древние, какие – новые, и уж тем более неясно, когда они стали такими, какими мы их видим сейчас. Было даже предположено существование отдельного эндемичного вида "денисовских" людей, хотя исследователи предусмотрительно не стали давать им нового систематического названия, учитывая полное отсутствие морфологического обоснования для такого шага. Одной из самых больших проблем является пока ещё малое количество изученных древних образцов ДНК. То есть, может быть известно, что некий ген ответственен за синтез определённого белка или же нарушение работы некоего гена ведёт к определённому заболеванию, но каковы наглядные последствия работы нормального варианта гена – как они проявляются в жизни человека – как правило, остаётся неизвестным.